L’ensemble des 95 thèses est centré sur la question des indulgences, du pardon des fautes et de la pénitence. Si on sent bien que la préoccupation principale de Luther est celle des indulgences (44 occurrences, mais un nombre plus important de thèses en parle) et de leur monétisation (argent 11 fois, achat 4 fois, achète 3 fois), il commence par une approche plus large sur la pénitence (peine, pénitence : 24 occurrences), inévitablement liée à la question du Purgatoire (13 occurrences).
En prenant garde à conserver une réalité aux indulgences, qui ont un pouvoir réel (mais qu’on a du mal à saisir étant donné que « les indulgences ne peuvent pas même remettre le moindre des péchés véniels » (n°76), si bien qu’il semble falloir en conclure que « ces grâces des indulgences ne s'appliquent qu'aux peines de la satisfaction sacramentelle établies par les hommes. » (n°34)), et en ménageant le Pape, dont il distingue sans cesse les sentiments et intentions de celles promues par ceux qui parlent en son nom des indulgences, il élabore toutefois une théologie très pessimiste. Comme le montrent les citations qui suivent, il fait lourdement peser le fardeau de la peine et de la pénitence sur les épaules des fidèles. Par moment, il semble même que toute perspective de salut complet et objectif soit impossible. D’un point de vue théologique, l’ambiance est assez sinistre.
« Notre Maître et Seigneur Jésus-Christ a voulu que la vie entière des fidèles fût une pénitence. » (n°1)
« C'est pourquoi la peine dure aussi longtemps que dure la haine de soi-même, la vraie pénitence intérieure, c'est-à-dire jusqu'à l'entrée dans le royaume des cieux. » n°4
« Si la remise entière de toutes les peines peut jamais être accordée, ce ne saurait être qu'en faveur des plus parfaits, c'est-à-dire du plus petit nombre. Ainsi cette magnifique et universelle promesse de la rémission de toutes les peines accordées à tous sans distinction, trompe nécessairement la majeure partie du peuple. » n°23 et 24
« Nul n'est certain de la vérité de sa contrition ; encore moins peut-on l'être de l'entière rémission. » n°30
« Il est aussi rare de trouver un homme qui achète une vraie indulgence qu'un homme vraiment pénitent. » n°31
« Il faut exhorter les chrétiens à s'appliquer à suivre Christ leur chef à travers les peines, la mort et l'enfer. » n°94
« Et à entrer au ciel par beaucoup de tribulations plutôt que de se reposer sur la sécurité d'une fausse paix. » n°95
La bulle commence par une longue invocation du Seigneur, des Apôtres à commencer par Pierre et Paul, qui tonne contre les faux prophètes et autres égarements contre lesquels ils ont prêché et prévenu les disciples du Seigneur. Le ton est sévère, le Pape tonne, et conclut : « Que toute cette sainte Église de Dieu, je le dis, se lève, et avec les bienheureux Apôtres intercède auprès de Dieu Tout-Puissant pour purger les erreurs de Ses brebis, pour bannir toutes les hérésies des terres des fidèles et pour qu’Il daigne maintenir la paix et l'unité de Sa sainte Église. » (§6)
Après quelques paragraphes sur le contexte allemand, l’affection du pontife pour ce peuple et son glorieux historique de défense de la foi catholique, le texte entre dans le vif du sujet. Il le fait en donnant une liste de 41 erreurs, dans un format comparable à celui des 95 thèses de Luther.
Dans ces 41 erreurs, le texte se concentre surtout sur la doctrine de la rémission des péchés. Il parle donc largement des questions de peine, de confession, d’absolution, de réalité du pardon, etc. Les indulgences y ont une place seconde.
Après avoir insisté sur le danger des thèses luthériennes et sur la sûreté du jugement de l’Eglise, la bulle nomme explicitement Luther pour la première fois (§56) : « En outre, parce que les erreurs précédentes et beaucoup d'autres sont contenues dans les livres ou les écrits de Martin Luther, nous condamnons, réprouvons et rejetons de même complètement les livres ainsi que tous les écrits et sermons du dit Martin, que ce soit en latin ou en toute autre langue, contenant les dites erreurs ou l'une quelconque d'entre elles ; et nous souhaitons qu'ils soient considérés comme tout à fait condamnés, réprouvés et rejetés. » En conséquence, il est interdit à tous les fidèles de lire ou de faire valoir ces écrits et ces thèses.
Le Pontife regrette ensuite que Martin se soit toujours refusé au dialogue, dans des universités, ou à Rome avec la Curie, et à la discussion ouverte et publique. « S’il avait fait cela, nous sommes certains que son cœur aurait été changé et qu’il aurait reconnu ses erreurs. » (§58) Et de conclure : « Mais il a toujours refusé d'écouter et, méprisant la citation précédente et chacun des ouvertures ci-dessus, il a dédaigné de venir. Jusqu'à ce jour il est rebelle. Avec un esprit endurci, il a continué sous censure pendant plus d'un an. » (§59)
Martin serait donc immédiatement condamnable, ses fautes étant évidentes, son appel à un Concile aggravant son cas (« En vain, implore-t-il l'aide d'un Concile puisqu’il admet ouvertement qu’il ne croit pas à un Concile. »), et son obstination dans l’erreur et l’opposition prononçant d’eux-mêmes la sentence. « Pourtant, avec les conseils de nos frères, en imitant la Miséricorde de Dieu tout-puissant qui ne souhaite pas la mort du pécheur, mais plutôt qu’il se convertisse et qu'il vive, en oubliant toutes les blessures infligées à nous et au Siège Apostolique, nous avons décidé d'utiliser toute la compassion dont nous sommes capables. » (§62) En effet, « il est de notre espoir, autant que nous en sommes, qu’il expérimentera un changement de cœur en prenant la route de la douceur que nous avons proposée, qu’il reviendra et qu’il se détournera de ses erreurs. Nous allons le recevoir gentiment comme le fils prodigue de retour dans le giron de l'Église. » (§62)
C’est pourquoi la bulle s’achève sur une invitation à la conversion et à la rétractation des thèses jugées hérétiques : « Que Martin lui-même et tous ceux qui adhèrent à lui, à ceux qui l’abritent et le soutiennent, par le Cœur Miséricordieux de notre Dieu et par l’Aspersion du Sang de notre Seigneur Jésus Christ, de qui et par qui la rédemption du genre humain et l’édification de l'Église, notre Sainte Mère, a été accomplie, sachent que nous l’exhortons et le supplions de tout notre cœur de cesser de troubler la paix, l'unité et la vérité de l'Église pour lesquelles le Sauveur a prié si ardemment le Père. Qu'il s’abstienne de ses erreurs pernicieuses afin qu’il puisse nous revenir. S’ils obéissent vraiment et qu’ils nous certifient par des documents juridiques qu'ils ont obéi, ils trouveront en nous l'affection de l'amour d'un père, l'ouverture de la source des effets de la charité paternelle, et l'ouverture de la source de la miséricorde et de la clémence. » (n°63) Il doit d’ici là cesser d’enseigner.